Faculdade

Departamento

Rui Manuel Freitas Oliveira

Professor Associado com Agregação
628
(+351) 212948385
10939
(+351) 212948550

Interesses Científicos

A actividade desenvolvida no grupo de Biologia de Sistemas e Engenharia (SBE) consiste na aplicação de ferramentas de Biologia de Sistemas à engenharia genética, biologia sintética e de engenharia de processos. O grupo SBE trabalha na interface entre Engenharia de Sistemas, Biologia Celular e Molecular e Engenharia de Processos. Os tópicos de interesse actuais são:

- Biologia de Sistemas computacional baseada em sistemas híbridos – novos métodos computacionais que fundem os paradigmas paramétrico e não-paramétrico.
- Desenvolvimento de métodos de reconciliação de dados de genómica, proteómica e metabolómica baseados em teoria de sistemas híbridos.
- Métodos de desenvolvimento rápido de bioprocessos que usam modelos para minimizar o trabalho experimental e aumentar performance.
- Métodos avançados de Tecnologia Analítica de Processos (PAT) a partir de dados "ómicos" e modelos de células in silico.
- Métodos de Biologia de Sistemas para desenvolvimento de meio de cultura.
- Uma plataforma de Biologia de Sistemas para engenharia metabólica e biologia sintética. 

Publicações Representativas

Ana P Teixeira, João ML Dias, Nuno Carinhas, Marcos Sousa, João J Clemente, António E Cunha, Moritz von Stosch, Paula M Alves, Manuel JT Carrondo, Rui Oliveira (2011) Cell functional enviromics: unravelling the function of environmental factors, BMC Systems Biology, 5: 92

von Stosch, M., de Azevedo, SF, Oliveira, R. (2010) Modelling biochemical networks with intrinsic time delays: a hybrid semi-parametric approach, BMC Systems Biology, 4:131

Teixeira, A.P., Portugal, C.A.M., Carinhas, N., Dias, J.M.L., Crespo, J.P., Alves, P.M., Carrondo, M.J.T., Oliveira, R. In situ 2D fluorometry and chemometric monitoring of mammalian cell cultures (2009) Biotechnol Bioeng, 102 (4), pp. 1098-1106

Dias, J.M.L., Oehmen, A., Serafim, L.S., Lemos, P.C., Reis, M.A.M., Oliveira, R. (2008) Metabolic modelling of polyhydroxyalkanoate copolymers production by mixed microbial cultures BMC Systems Biology , 2, art. no. 59

Teixeira, A.P., Carinhas, N., Dias, J.M.L., Cruz, P., Alves, P.M., Carrondo, M.J.T., Oliveira, R. (2007) Hybrid semi-parametric mathematical systems: Bridging the gap between systems biology and process engineering J Biotechnology, 132 (4), pp. 418-425

Teixeira, A.P., Alves, C., Alves, P.M., Carrondo, M.J.T., Oliveira, R. (2007) Hybrid elementary flux analysis/nonparametric modeling: Application for bioprocess control BMC Bioinformatics , 8, art. no. 30